Nach Jahren kehrt er zurück zu der verlassenen Insel „Black Notch Island“, auf der einst seine Familie lebte, um der Bitte seiner Mutter nachzugehen. Er soll im Innern des Leuchtturms, der Waisenhaus und zugleich ihr Zuhause war, alles neu anstreichen, um ihre Rückkehr vorzubereiten.

In der Retrospektive rekapituliert er seine Kindheit und die seltsamen Geschehnisse von damals: Die Mutter ist eine tyrannisierende Frau. Sie kontrollierte vom Leuchtturm aus die Kinder auf Schritt und Tritt. Der Vater betrieb seltsame Experimente im Keller... Als ein Elternpaar rätselhafte Kopfverletzungen bei ihren adoptierten Kindern entdeckt, schicken sie die Detektivgeschwister Wendy und Chance auf die Insel, um der Sache auf den Grund zu gehen. Ihre Anwesenheit auf der Insel weckt in Guy und seiner Schwester erste Liebesgefühle, während die dunklen Familiengeheimnisse nach und nach ans Licht kommen – und Schreckliches offenbaren.

„Brand Upon the Brain!“ ist ein avantgardistischer Film par Excellence, eine Hommage an die von Maddin vereehrte Stummfilmära. Wie kein anderer versteht er es, die klassischen Elemente des Stummfilms mit modernen Techniken zu einer Oper der Sinne zu kombinieren: Entstanden ist eine Perle der Filmkunst, die mit körnigen Schwarzweiß-Bildern, einer temporeichen Bildmontage und einem lebhaften Off-Kommentar eine neue Definition der Filmästhetik postuliert.